特科開始下面設(shè)三個科：

一科開始叫總部，后來稱總務科，該科的主要職責是為中央機關(guān)和領(lǐng)導同志租賃住房，布置開會場所，營救被捕中央負責同志，建立聯(lián)絡點以及負責收殮被敵人殺害的同志遺體，料理家屬生活等等，科長洪揚生。

二科是情報科，該科主要負責收集情報，掌握敵情。在做法上，采取“打進去”和“拉出來”的辦法，深入敵人要害部門，搜集各種情報，掌握敵人的活動規(guī)律，破壞敵人的陰謀，科長陳賡。

三科是行動科，負責搶救被捕同志，打擊罪大惡極的叛徒。該科下面設(shè)有手槍、盒子槍武裝的“紅隊”，也叫打“狗”隊。其成員都是從上海工人中和各蘇區(qū)紅軍中，選調(diào)一些機智勇敢、槍法最好的特等射手組成，專門負責打“狗”（鎮(zhèn)壓叛徒和國民黨特務）的工作，科長由顧順章兼任。

之后隨著形勢發(fā)展的需要，成立了交通科，又稱通訊聯(lián)絡科，其任務是負責黨中央同各根據(jù)地、紅軍和各省委的無線電臺聯(lián)系，水陸交通線的聯(lián)系，科長李強。

情報工作是特科的一項重要任務。周恩來本著“不入虎穴，焉得虎子”、“知彼知己，百戰(zhàn)不殆”的原則，很重視挑選可靠機敏的黨員或黨的同情者打入敵人心臟，掌握敵情，為我黨制定對敵政策提供可靠的依據(jù)。