醫(yī)院擁有國(guó)內(nèi)領(lǐng)先的醫(yī)療、教學(xué)、科研設(shè)備，設(shè)備總值近7億元，主要有檢驗(yàn)自動(dòng)化流水線系統(tǒng)、PET-CT、磁共振儀4臺(tái)、高速CT2臺(tái)、全身γ-刀、ECT、DSA、數(shù)字胃腸機(jī)（DR）、數(shù)字拍片機(jī)（CR）、頭顱X-刀、直線加速器、流式細(xì)胞儀、電子顯微鏡、大型彩色多普勒儀、電子胃腸鏡、自動(dòng)麻醉機(jī)、體外震波碎石機(jī)、高壓氧艙群、全層流凈化手術(shù)室等。

醫(yī)院本部設(shè)有53個(gè)專業(yè)學(xué)科，醫(yī)院擁有1個(gè)國(guó)家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)專科在建項(xiàng)目，1個(gè)國(guó)家科技部示范型國(guó)際科技合作基地，是國(guó)家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)，下設(shè)16個(gè)專業(yè) 。全軍重點(diǎn)學(xué)科、基地10個(gè)：全軍臨床檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)研究所、全軍器官移植研究所、全軍兒科疾病診治中心、全軍婦產(chǎn)科中心、全軍微創(chuàng)神經(jīng)外科中心、全軍計(jì)劃生育優(yōu)生優(yōu)育研究所、全軍臨床藥理基地、全軍醫(yī)院信息化研究與技術(shù)支持基地、全軍衛(wèi)生音像制作基地、全軍器官移植臨床護(hù)理示范基地。南京軍區(qū)重點(diǎn)學(xué)科13個(gè)：南京軍區(qū)肝膽外科研究所、南京軍區(qū)普通外科研究所、南京軍區(qū)骨科研究所、南京軍區(qū)腫瘤中心、南京軍區(qū)藥學(xué)中心、南京軍區(qū)腎臟病中心、南京軍區(qū)病理中心、南京軍區(qū)呼吸病中心、南京軍區(qū)中醫(yī)中心、南京軍區(qū)消化內(nèi)科中心、南京軍區(qū)醫(yī)學(xué)影像中心、南京軍區(qū)糖尿病診療中心，95臨床部南京軍區(qū)燒傷醫(yī)學(xué)中心。福建省創(chuàng)新平臺(tái)2個(gè)：福建省干細(xì)胞應(yīng)用工程技術(shù)研究中心、福建省盆底醫(yī)學(xué)工程技術(shù)研究中心，擁有福建省移植生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)人民解放軍組織修復(fù)與器官重建重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，是國(guó)家教育部本科教學(xué)工程校外實(shí)習(xí)基地、福建省住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、福建省外科學(xué)研究生教育創(chuàng)新基地。醫(yī)院綜合實(shí)力在華東地區(qū)處在第一方陣，在福建省和南京軍區(qū)處于領(lǐng)先地位。